O primeiro presidente da Academia de Marinha (AM) foi o Vice-almirante Manuel Maria Sarmento Rodrigues, que anteriormente presidira ao Grupo de Estudos de História Marítima e ao Centro de Estudos de Marinha.
A sua presidência foi interrompida pelo seu falecimento em 1 de Agosto de 1979.
Sucedeu-lhe o Vice-almirante Avelino Teixeira da Mota, notável historiador e grande estudioso da cartografia antiga.
A sua presidência foi abreviada pelo seu inesperado falecimento em 1 de Abril de 1982.
O terceiro presidente foi o Professor Engenheiro Eduardo Romano Arantes e Oliveira, que presidiu à AM até à sua tomada de posse como membro do Governo, em 1985.
O Contra-almirante Engenheiro Construtor Naval Rogério Silva d’Oliveira foi o quarto presidente. No período da sua presidência de cerca de 18 anos, a AM viveu um assinalável progresso e expansão, recebendo uma sede própria no Edifício da Marinha, na rua do Arsenal, em Lisboa.
Em 7 de Janeiro de 2004 o Vice-almirante António Ferraz Sacchetti tomou posse como quinto presidente da AM.
Em consequência do inesperado falecimento em 15 de Janeiro de 2009,sucede-lhe o Almirante Nuno Vieira Matias como sexto presidente da Academia de Marinha até 8 de janeiro de 2016.
VALM Manoel Sarmento Rodrigues
1969 a 1975
VALM Avelino Teixeira da Mota
1980 a 1982
Prof. Eng. Eduardo Arantes e Oliveira
1983 a 1985
CALM ECN Rogério Silva Geral d'Oliveira
1986 a 2003
VALM António Emilio Ferraz Sacchetti
2004 a 2009
ALM Nuno Gonçalo Vieira Matias
2009 a 2015